Hade uppdraget San Rafael Arcangel några stora jordbävningar?

Uppdraget upplevde flera stora jordbävningar. Framför allt skadades uppdraget kraftigt av jordbävningen i Fort Tejon 1857. Jordbävningen, centrerad i San Joaquin-dalen, uppskattades ha en magnitud på 7,9. Missionens murar och klocktorn samt prästens boningsrum förstördes. Dessutom upplevde uppdraget ytterligare skador från andra jordbävningar som jordbävningen i San Francisco 1906 och 1989 års jordbävning i Loma Prieta.